CCOST
Es de carácter consultiva y de Vigilancia, garante del cumplimiento y desarrollo de las fases: Preparatoria, Pre Congreso y Congreso.
CRU
Es el responsable de la conducción del proceso de la Reforma Universitaria, con fundamentos en la propuesta presentada de Metodología, bases y presupuesto aprobados por el Consejo Superior Universitario. Es el responsable de coordinar el trabajo de todas las demás comisiones.
CETRU
Comisión específica para el diagnóstico institucional y propuestas por cada eje temático.
CECODYS
Es la encargada de planificar y desarrollar la estrategia de comunicación del proceso de reforma Universitaria.
CERUA
Por cada Unidad Académica debe de haber una CERUA. Su función es organizar, orientar y realizar la elaboración del autodiagnóstico y propuesta por Unidad Académica, en la fase de Pre Congreso.